教育部組織改造後整併中部辦公室、國教司、中教司等單位成立「國民及學前教育署」，首任署長由國家教育研究院院長吳清山接任，吳清山署長表示，推動十二年國教的規劃與時程都不變，各招生區超額比序，將等3、4月的會考模擬後再進行微調，希望以零抽籤為目標。
首任教育部國民及學前教育署署長吳清山表示，十二年國教要讓每個孩子，至少都有一項專長，任何社經背景都要努力「帶上來」，不放棄任何一個孩子，對於十二年國教特色招生、超額比序的方式，是否讓弱勢學生更弱勢，吳清山署長強調自己感同身受，因為他就來自雲林縣濱海的四湖鄉，深刻體會偏鄉教育資源不足，任內會努力照顧弱勢，「超額比序」部分，今年3、4月有會考模擬，將等模擬有結果後，再進行分區微調，針對都會區盼望的「零抽籤」及偏鄉地區採計競賽成績的疑慮，提出對策。
教育部表示，國民及學前教育署分成四個組，包含：高中及高職教育組、國中小及學前教育組、原住民族與少數族群及特殊教育組、學生事務及校園安全組，除了國中小及學前教育組在臺北另設辦公室外，其餘各組都在教育部中部辦公室原址辦公，將成為地方教育事務的單一窗口，首要任務是納入學前教育、推動十二年國教等重大教育政策。
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