大學甄選第二階段報名費居高不下，全國教師工會總聯合會指出，行政院規定，各大學舉辦招生考試時，必須把收入兩成回繳給校務基金，導致各大學超收報名費，形同賺招生財，強迫學生多繳報名費，希望政府取消相關規定，教育部對此表示將檢討，朝向「刪除考試收入必須回繳校務基金」的規定。
大學甄選入學個人申請分兩階段，第一階段每人每系報名費100元，第二階段甄試費則從0元到1千500元不等，不過，依行政院「國立大專校院辦理招生試務工作酬勞支給要點」，各校招生試務收入至少要回繳20%給校務基金，導致各大學會預先超收，以102年國立大學第二階段甄試費用總收入5千300萬元來看，預估有1千萬元可入帳校務基金，全教總理事長劉欽旭表示，如果行政院能取消考試收入回繳校務基金規定，優先做為調降報名費，今年報名費就能從每系1千500元減少300元，以考生報名五科系計算，一次就能省下1千500元。
教育部高教司專門委員朱俊彰表示，目前各大學已有共識，將檢討相關規定，與相關部會研議刪除考試收入必須回繳校務基金的規定，未來各大學不會為了回繳給校務基金反映在報名費上，也希望各校最快明年能因此調降報名費。
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